微循环研究所拥有3300平方米的国际化标准的新建科研楼。远在1987年便创建了获得国家科技进步二等奖的、具有国际先进水平的"人体及动物活体微循环、大循环多项功能指标同步监测及分析系统"。
该系统综合运用了频谱分析、数字信号处理、数字图像处理等多种先进技术以及多种动物、多种活体组织、多种病理生理状态的微循环显微观测模型，成为研究微血管功能的综合性技术平台。该所设生物医学工程、微血流动力学、微血管细胞生物学、微血管蛋白质组学、临床微循环5个实验室。
拥有研究员3名，副研究员2名，助理研究员2名，其他科技人员5名，行政后勤人员6名，在读博士研究生6名，在读硕士研究生3名，流动性国内外进修人员数名，特聘国内外名誉教授及兼职教授38名，形成了一支高效严谨、符合国际同类研究机构的科研梯队。拥有与瑞典及美国跨国科研合作项目三项。
以微循环所为核心，由美国三院院士、世界生物力学之父冯元桢教授，瑞典诺贝尔生理／医学奖首席评委Ingemar Bjorkhem博士以及我国著名免疫学家顾方舟教授担任高级顾问，欧美及亚洲十多名微循环专家担纲加盟，一个新型模式的国际科研合作平台--"国际微血管生物学研究中心"正在微循环科研楼内筹建。微循环所以探索脑、心血管重大疾病微循环功能调控以及肿瘤诱导血管新生抑制途径为主攻方向，已建立了国际标准的器官以及分子水平的微血管生物学功能实验的技术平台。
拥有进行多种动物器官及组织微血管及微淋巴管功能显微观测的动物模型以及脑血栓形成、心肌细胞功能、癌细胞诱发微血管增生等多种实验模型。可从器官、细胞以及分子水平进行动脉粥样硬化、缺血性脑心血管疾病发生发展及治疗中与微循环相关的病理生理、微血流动力学、细胞及分子生物学和药物疗效、药物筛选的研究，以及进行抗肿瘤诱导微血管新生的基础理论及应用研究。在传统中医药资源的开发方面亦成果显著。
1999年在后基因时代，在修瑞娟所长带领下，微循环所在我国领先开拓了探索微血管蛋白质组学的新领域，2002年通过严格答辩论证，进入了中国科学院知识创新工程重大项目，承担了"光学蛋白质芯片的医学设计及临床应用"攻关课题，并获中科院知识创新基金资助。
2005年获国家科技部社会公益性基金资助进行"蛋白质芯片技术质量标准"的研究。
2006年，为满足我国发展人工血液的战略需求，迈向该领域国际先进前沿，微循环所积极参与了人工载氧血红蛋白对微循环功能影响以及载氧类药物功能评价和机理探讨的研究，并于2007年承担了第十一届国际血液大会，为祖国争得了荣誉。
1985年以来，已有6批诺贝尔生理／医学奖评奖委员来微循环所访问考察，1988年起，微循环所已在瑞典卡洛琳斯卡医学研究院临床研究中心建立了跨国实验室，开展高脂血症导致动脉粥样硬化的微循环功能障碍机理以及抗氧化治疗对微循环功能改善作用的研究，合作教授为该中心主任Ingemar Bjorkhem博士。
该项目之一于2002年被科技部列入中瑞政府间官方科技合作计划。2004年起与美国加州大学（UCSD）生物医学工程系签订了两项科研合作协议，合作开展自发性高血压大鼠发病机理的蛋白质组学研究，该项目为已故世界微循环之父B.W. Zweifach教授挂帅承担的美国NIH基金项目的延续，目前已取得重要进展。在2010年全美FASEB大会上获得最高荣誉奖---Wigger's奖。
自建所至今，微循环所共发表论文300余篇，半数以上发表于国际杂志，出版论著8本。曾获国家发明奖1项、国家科技进步奖1项及部级科技成果奖3项，国际及国内学术会议优秀论文及杰出科研成就奖18项，拥有多项自主知识产权。
所长修瑞娟教授为第六至第十届全国政协委员，国家级有突出贡献的中青年科学家，曾任中国医学科学院、中国协和医科大学副院校长（1985-1993），曾获2000年联合国-欧莱雅"世界杰出女科学家"特别荣誉称号，被特聘为瑞典传统医学院院士、意大利医学院院士，2005年获《中华医学杂志》金笔奖。
现担任《中国微循环》杂志总编，五个国外医学杂志编委，担任中国微循环学会理事长以及亚洲微循环联盟主席。
微循环所在科研楼前厅内高挂协和老科学家的肖像、悬挂居里夫人在巴黎大学著名讲演的铜匾，建立了诺贝尔奖获得者展板廊，"世界微循环之父"兹维法赫图书馆，以此倡导继承前辈科学巨匠们的学德、学术、学风，弘扬开拓创新的诺贝尔精神，激发科技人员的创造性思维，铭记科技强国的历史使命，培养青年科研人员的国际合作与竞争的意识和实力，由此打造团结、和谐、竞争、向上的文化氛围，向发展微血管生物学的新高度拼搏奋进。